1、變壓器各側(cè)額定電壓和額定電流各不相等，因此各側(cè)電流互感器的型號(hào)一定不同，而且各側(cè)三相接線方式不盡相同，所以各側(cè)相電流的相位有也可能不一致，將使外部短路時(shí)不平衡電流增大，所以變壓器縱差保護(hù)的最大系數(shù)比發(fā)電機(jī)的大，敏捷度相對(duì)來(lái)說(shuō)要比較低。
2、變壓器繞組常有調(diào)壓分接頭，有的還要求帶負(fù)荷調(diào)節(jié)，使變壓器縱差保護(hù)已調(diào)整平衡的二次電流又被破壞，不平衡電流增大，這樣將使變壓器縱差保護(hù)的最小動(dòng)作電流和制動(dòng)系數(shù)都要相應(yīng)加大。
3、對(duì)于定子繞組的匝間短路，發(fā)電機(jī)縱差保護(hù)完全沒(méi)有作用。變壓器各側(cè)繞組的匝間短路，通過(guò)變壓器鐵芯磁路的耦合，改變了各側(cè)電流的大小和相位，使變壓器縱差保護(hù)對(duì)匝間短路有作用。
4、不管變壓器繞組仍是發(fā)電機(jī)定子繞組的開(kāi)焊故障，它們的完全縱差保護(hù)均不能起到保護(hù)作用而動(dòng)作，但變壓器還可以依賴瓦斯保護(hù)或壓力保護(hù)。
5、變壓器縱差保護(hù)范圍除包括各側(cè)繞組外，還包含變壓器的鐵心，即變壓器縱差保護(hù)區(qū)內(nèi)不僅有電路還有磁路，顯著違背了縱差保護(hù)的理論基礎(chǔ)（基爾霍夫電流定律）。而發(fā)電機(jī)的縱差保護(hù)對(duì)象內(nèi)只有電路的聯(lián)系，在沒(méi)有故障時(shí)，無(wú)論外部發(fā)生什么故障，各相電流的矢量和總為零。